QuickStart "pro netrpělivé"

1. Přihlášení na čelní uzel CERIT-SC:

$ ssh <username>@zuphux.cerit-sc.cz

Password: <Zadejte heslo META>

Detaily k dostupným čelním uzlům a možným způsobům přihlášení naleznete v sekci Přístup k infrastruktuře.

2. Vytvoření spouštěcího skriptu úlohy:

Následující řádky provádí přípravu spouštěcího skriptu a spuštění testovací sady pro aplikaci Gaussian (verze 03). Detaily k přípravě spouštěcího skriptu naleznete v sekci Příklady.

zuphux$ cat - >mojeuloha.sh <<EOF

#!/bin/sh

# inicializace systemu modulu

. /packages/run/modules-2.0/init/sh

# inicializace modulu aplikace Gaussian

module add g03

# priprava vstupnich dat ulohy

mkdir /scratch/$USER/$PBS_JOBID

cd /scratch/$USER/$PBS_JOBID

wget http://www.cerit-sc.cz/cs/docs/quickstart/gaussian_test.com

# spusteni aplikace Gaussian

g03 <gaussian_test.com >results.out

# preneseni vystupnich dat do domovskeho adresare uzivatele

cp results.out /home/$USER

# uklid svazku /scratch

rm -rf /scratch/$USER/$PBS_JOBID

EOF

3. Specifikace parametrů úlohy a její zadání plánovacímu systému:

Předání vytvořeného skriptu plánovacímu systému s požadavkem na alokaci 1 stroje se 4 procesory a se specifikací maximální doby běhu úlohy v délce 1 hodiny:

zuphux$ qsub -l walltime=1:00:00 -l nodes=1:ppn=4 mojeuloha.sh

12345.wagap.cerit-sc.cz # = jobID

Detaily ke specifikaci parametrů úlohy a zejména k využití nepovinného parametru walltime, určujícího maximální dobu běhu zadávané úlohy, lze nalézt v sekci Specifikace vlastností uzlů/úloh. (Implicitní hodnota parametru omezuje délku výpočtu zadávané úlohy na 24 hodin.)

4. Sledování stavu úlohy:

zuphux$ qstat 12345.wagap.cerit-sc.cz

Výpočet výše uvedené ilustrační úlohy bude trvat cca 20 minut.

5. Prohlížení výstupu a standardního chybového výstupu dokončené úlohy:

zuphux$ less ~/results.out # vystup ulohy

zuphux$ less ~/mojeuloha.sh.o12345   # standardni vystup ulohy

                                 # nyni prazdny (presmerovan do results.out)

zuphux$ less ~/mojeuloha.sh.e12345 # standardni chybovy vystup ulohy